RT-PCR cuantitativa específica y sensible de miRNAs con cebadores de ADN

La PCR cuantitativa de muestras biológicas se realizó en 10 μl de volumen total con 1 μl de ADNc diluido 8-10 veces, 5 μl de 2x mezcla maestra de PCR QuantiFast SYBR Green (Qiagen, Alemania), 250 nM de cada cebador o 2 μl microRNA LNATM cebador conjuntos (Exiqon, Dinamarca). Se realizaron curvas estándar con diluciones de 10 veces para todos los ensayos para calcular la eficiencia de qPCR.(1)
Se usaron las mismas condiciones de PCR para las plantillas sintéticas, excepto que se usó 1 μl de plantilla sintética en 2 ng / μl de ADN de esperma de salmón (Sigma, EE. UU.) En TE en lugar de ADNc. Se utilizó 2x Brilliant III Ultra-Fast QPCR Master Mix (Agilent, EE. UU.)
Las condiciones de ciclismo fueron 95 ° C durante 5-10 min seguidas de 40 ciclos de 95 ° C durante 10-30 segundos y 60 ° C 30-60 segundos. Se realizó un análisis de la curva de fusión (60 ° C a 99 ° C) después del perfil térmico para garantizar la especificidad en la amplificación.
El QPCR de muestras biológicas se realizó en una máquina MX3000P (Stratagene, EE. UU.) Y las reacciones que contienen plantillas sintéticas se realizaron en un Rotorcycler (Qiagen, Alemania). Los cebadores enriquecidos con LNA fueron conjuntos de cebadores de microRNA LNA ™ PCR diseñados por Exiqon (Dinamarca)(1)

La cuantificación se basó en la determinación del ciclo de cuantificación (Cq) y la eficiencia de la PCR se calculó a partir de la porción logarítmica lineal de las curvas estándar(1)

Referencias Bibliográficas:

1.- Balcells, I., Cirera, S. & Busk, P.K. Specific and sensitive quantitative RT-PCR of miRNAs with DNA primers. BMC Biotechnol 11, 70 (2011) doi:10.1186/1472-6750-11-70

Microrray en Neumonía

Tema: Los pacientes intubados que presentan traqueobronquitis o neumonía tienen patrones distintivos de expresión genética del sistema del complemento en el período previo a la infección: un estudio piloto

Objetivo: Identificar y comparar la expresión de genes VAP / IVA “firmas” utilizando microarrays de ADN de todo el genoma.

Muestra: Secreciones traqueales, sangre

Tipo de ácido nucleico: ARN total

Extracción de ADN

Lisis: Sistema PAXgene Blood RNA 

Purificación: Sistema PAXgene Blood RNA 

Separación: Sistema PAXgene Blood RNA 

Genes a amplificar: Cyanine 3-CTP-cRNA marcado

Tipo de prueba: Microarrays de ADN

Visualización: Análisis IPA

Desnaturalización: GeneSpring GX 11.0

Hibridación: GeneSpring GX 11.0

Extensión: GeneSpring GX 11.0

Numero de ciclos: GeneSpring GX 11.0

Referencia bibliográfica: 

Loeches, Papiio, Amansa. Intubated patients developing tracheobronchitis or pneumonia have distinctive complement system gene expression signatures in the pre-infection period: A pilot study [actualizada el 4 de Mayo de 2012]. Disponible en: http://www.medintensiva.org/en/intubated-patients-developing-tracheobronchitis-or/articulo/S2173572712000768/

Detección por PCR múltiple de gérmenes atípicos en pacientes con neumonía 

Identificar eh interpretar la infección que causa la neumonía adquirida en la comunidad tanto en niños, jóvenes y adultos.
MUESTRA:
Esputo, lavado bronquial y traqueal, cultivos.
TIPO DE ADN:
*ADN Genómico bacteriano
GEN AMPLIFICADO:
*ompA
*mip

EXTRACCIÓN:
* kit comercial Quiaprep Spin Miniprep
PCR: Múltiple
VISUALIZACIÓN:
*Electroforesis en gel de agarosa al 2%
SENSIBILIDAD Y ESPECIFICIDAD ANALÍTICA:
Texto de resultado. (Dentro del artículo).

Referencia bibliográfica
Guiller R. Detección por PCR múltiple de gérmenes atípicos en pacientes con neumonía. Asuncion-Paraguay. Citado [18 de de noviembre del 2019] Disponible en: http://revistascientificas.una.py/index.php/RIIC/article/view/133/73

NEUMONÍA: PRUEBA DE TAMIZAJE Y PRUEBA CONFIRMATORIA

Pruebas de Tamizaje
La principal prueba de tamizaje para detectar la neumonía es la radiografía de tórax, la cual, presenta una sensibilidad entre el 40-60% y su especificidad es de 90%, del mismo modo se puede realizar un examen físico para comprobar si hay crepitaciones o ruidos respiratorios que indican la presencia de líquido espeso.

Pruebas Confirmatorias

-Gasometría Arterial 

-Conteo Sanguíneo Completo

-Cultivo de esputo

-Tomografía computadorizada de tórax.

Referencias:

1.- Temprado V, Manzanedo L. Neumonía organizada como forma de presentación de una artritis reumatoide. Galicia. 2015. Disponible https://galiciaclinica.info/PDF/GC76-3.pdf#page=27

2.- Álvarez-Cordovés MM, Mirpuri-Mirpuri PG, Rocha-Cabrera P, Pérez-Monje A. Neumonía lipoidea: a propósito de un caso. Semer - Med Fam. 2013;39(2):110–2. Disponible https://www.revistadepatologiarespiratoria.org/descargas/pr_17-3_107-109.pdf

3.- Karla Moënne B. Neumonías adquiridas en la comunidad en niños: diagnóstico por imágenes. Rev Médica Clínica Las Condes. 2013;24(1):27–35. Disponible https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0716864013701263

Epigenoma de la Neumonía 

Los cambios epigenéticos pueden aumentar o silenciar la expresión génica a través de procesos como la metilación, la modificación de histonas, la remodelación de cromatina y la incorporación de variantes de histonas.

Publicado por: Grant W. Waterer, M.D. Ph.D. Community-Acquired Pneumonia: Genomics, Epigenomics, Transcriptomics, Proteomics, and Metabolomics. [Internet]. Australia. [Citado el 03 de noviembre del 2019] disponible en: https://www.thieme-connect.com/products/ejournals/html/10.1055/s-0032-1315637